Predire l’evoluzione di SARS-CoV-2: un nuovo software sviluppato anche dal Politecnico di Milano
Un software innovativo basato sul fenomeno dell’evoluzione convergente permette di prevedere con anticipo l’evoluzione di SARS-CoV-2 e di supportare la scelta delle varianti più idonee per l’aggiornamento dei vaccini e degli anticorpi monoclonali. Si chiama ConvMut ed è stato sviluppato da un gruppo di ricercatori dell’Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana, del Politecnico di Milano e dell’INMI “Lazzaro Spallanzani” IRCCS di Roma.
ConvMut è ora disponibile sulla piattaforma internazionale della GISAID Data Science Initiative, dove sfrutta oltre 17 milioni di sequenze virali condivise da laboratori di tutto il mondo per analizzare in tempo reale le mutazioni convergenti del virus.
Il software nasce da un’idea di Daniele Focosi, ematologo e virologo dell’Aoup, sviluppata insieme ai team di Fabrizio Maggi (INMI Spallanzani) e Anna Bernasconi, ricercatrice tenure-track del Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria del Politecnico di Milano.
Nonostante la pandemia sia oggi soprattutto una sfida per i pazienti immunocompromessi, SARS-CoV-2 continua a evolvere rapidamente, rendendo complesso l’aggiornamento tempestivo dei vaccini. ConvMut permette di anticipare con mesi di anticipo quali mutazioni della proteina Spike tenderanno a prevalere, fornendo ai decisori e alle aziende farmaceutiche uno strumento utile per una maggiore precisione nella definizione delle future strategie vaccinali.
Il software, descritto nel preprint su BiorXiv, compila automaticamente grafici di evoluzione convergente, che venivano fin qui curati manualmente, raggruppando i lignaggi per set di mutazioni che li accomunano -quasi sempre acquisiti in passaggi incrementali - e fornendo quasi in tempo reale informazioni sul numero di sequenze depositate.
Anna Bernasconi, ricercatrice Tenure-track del Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria
Oltre ai vaccini, ConvMut potrà essere utile anche per l’adattamento degli anticorpi monoclonali, fondamentali per i pazienti fragili: prevedere l’evoluzione del virus consente infatti alle aziende di orientare meglio i propri investimenti in ricerca e sviluppo, riducendo il rischio di fallimenti.